Các chỉ định phổ biến nhất cho ghép giác mạc là bệnh giác mạc bọng nước (do thủy tinh thể giả, loạn dưỡng nội mô Fuchs, không có thủy tinh thể), bệnh giác mạc hình chóp, ghép lại mô, viêm giác mạc (do virus, vi khuẩn, nấm, Acanthamoeba, thủng) và loạn dưỡng giác mạc mô đệm.