Nguyên nhân phổ biến nhất gây viêm bể thận là vi khuẩn thuộc họ Entembacteriaceae (trực khuẩn gram âm), trong đó Escherichia coli chiếm khoảng 80% (trong các trường hợp cấp tính không biến chứng); các tác nhân gây bệnh ít phổ biến hơn là Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.