Biến chứng đường mật sau ghép gan phát triển ở 10-20% các trường hợp. Bao gồm hẹp, rò mật, rò mật và viêm đường mật. Có thể quan sát thấy hẹp các chỗ nối do lỗi kỹ thuật, viêm do rò mật và xơ hóa, và hẹp không liên quan đến chỗ nối, hình thành phía trên chỗ nối theo hướng cửa gan, trong một số trường hợp do thiếu máu cục bộ ống mật.