Một số loại viêm gan tự miễn không xác định được nguyên nhân rõ ràng, trong khi những loại khác có liên quan đến các tác nhân đã biết như axit thienic (thuốc lợi tiểu) hoặc với các bệnh như viêm gan C và D. Nhìn chung, viêm gan tự miễn không rõ nguyên nhân có bệnh cảnh lâm sàng rõ rệt hơn, với hoạt động transaminase huyết thanh và mức γ-globulin cao hơn, mô học gan cho thấy hoạt động cao hơn so với các trường hợp có nguyên nhân đã biết và đáp ứng tốt hơn với liệu pháp corticosteroid.