Thiếu hụt enterokinase bẩm sinh đã được mô tả, cũng như thiếu hụt enzyme tạm thời ở trẻ sơ sinh cực kỳ non tháng. Do thiếu hụt enterokinase, quá trình chuyển đổi trypsinogen thành trypsin bị gián đoạn, dẫn đến sự phân hủy protein ở ruột non. Trong bệnh lý tá tràng, thiếu hụt duodenase cũng có thể xảy ra, dẫn đến thiếu hụt peptidase.