Trên lâm sàng, chẩn đoán bệnh lỵ trực khuẩn chỉ có thể được thiết lập trong các trường hợp biến thể điển hình của bệnh viêm đại tràng. Để làm rõ chẩn đoán trong các trường hợp không được xác nhận bằng xét nghiệm trong phòng thí nghiệm, nội soi trực tràng được thực hiện, trong tất cả các trường hợp bệnh lỵ trực khuẩn đều cho thấy hình ảnh viêm đại tràng (viêm đại tràng, xuất huyết hoặc loét trợt) với tổn thương niêm mạc của đại tràng xa, thường là viêm cơ thắt.