Nguyên nhân chính gây tổn thương niêm mạc miệng và hầu là nhiễm trùng. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng đau họng cũng có thể do các yếu tố không nhiễm trùng gây ra: tổn thương cơ học, tiếp xúc với khói thuốc lá, hít phải không khí ô nhiễm hoặc quá lạnh, căng thẳng giọng nói, dị vật trong cổ họng, chấn thương cổ họng, cũng như các bệnh của các cơ quan và hệ thống khác.